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genetik:populationsgenetik

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 Ein Bestandteil der Arbeit von Carneiro //et al//., 2011((Carneiro, M., Afonso, S., Geraldes, A., Garreau, H., Bolet, G., Boucher, S., ... & Ferrand, N. 2011. The genetic structure of domestic rabbits. Molecular biology and evolution, 28(6), 1801-1816.)) (s.o.) war auch die Untersuchung von LD anhand von Gensequenzen domestizierter Kaninchen (6 Rassen -- //Champagne Silver, English Spot, French Angora, French Lop, New Zealand White (INRA strain)// und //Rex// -- mit jeweils 25 Individuen).  Ein Bestandteil der Arbeit von Carneiro //et al//., 2011((Carneiro, M., Afonso, S., Geraldes, A., Garreau, H., Bolet, G., Boucher, S., ... & Ferrand, N. 2011. The genetic structure of domestic rabbits. Molecular biology and evolution, 28(6), 1801-1816.)) (s.o.) war auch die Untersuchung von LD anhand von Gensequenzen domestizierter Kaninchen (6 Rassen -- //Champagne Silver, English Spot, French Angora, French Lop, New Zealand White (INRA strain)// und //Rex// -- mit jeweils 25 Individuen). 
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 +Die für eine kommerziell gehaltene, chinesische Angorakaninchen-Population berechneten LD-Werte deuteten auf einen hohen Inzuchtgrad durch starke künstliche Selektion hin.((Wang, D., Xie, K., Wang, Y., Hu, J., Li, W., Yang, A., … & Fan, X. (2022). Cost-effectively dissecting the genetic architecture of complex wool traits in rabbits by low-coverage sequencing. Genetics Selection Evolution, 54(1), 75.))
  
 ===== Referenzgenome ===== ===== Referenzgenome =====
  
-Aufgrund seiner Position im phylogenetischen Stammbaum der Säugetiere (Ähnlichkeit zum menschlichen Genom) und seiner bedeutenden Rolle als Modelltier in der biomedizinischen Forschung wurde das Kaninchen für das „//Mammalian Genome Project//“ ausgewählt -- in diesem Rahmen wurde erstmals das gesamte Genom einer Neuseeländer-Häsin sequenziert (Broad Institute, USA; Lindblad-Toh //et al//., 2011((Lindblad-Toh, K., Garber, M., Zuk, O., Lin, M. F., Parker, B. J., Washietl, S., ... & Kellis, M. 2011. A high-resolution map of human evolutionary constraint using 29 mammals. Nature, 478(7370), 476-482.))). Das resultierende Referenzgenom aus dem Jahr 2005 wurde "OryCun1" genannt. Kurz darauf wurde das Kaninchengenom ein zweites Mal vollständig sequenziert (OryCun2.0, 2009). Neben dem Kern-Genom enthält das verbesserte OryCun2.0 auch eine Zusammenstellung des mitochondrialen Genoms.+Aufgrund seiner Position im phylogenetischen Stammbaum der Säugetiere (Ähnlichkeit zum menschlichen Genom) und seiner bedeutenden Rolle als Modelltier in der biomedizinischen Forschung wurde das Kaninchen für das „//Mammalian Genome Project//“ ausgewählt -- in diesem Rahmen wurde erstmals das gesamte Genom einer Neuseeländer-Häsin sequenziert (Broad Institute, USA; Lindblad-Toh //et al//., 2011((Lindblad-Toh, K., Garber, M., Zuk, O., Lin, M. F., Parker, B. J., Washietl, S., ... & Kellis, M. 2011. A high-resolution map of human evolutionary constraint using 29 mammals. Nature, 478(7370), 476-482. https://doi.org/10.1038/nature10530))). Das resultierende Referenzgenom aus dem Jahr 2005 wurde "OryCun1" genannt. Kurz darauf wurde das Kaninchengenom ein zweites Mal vollständig sequenziert (OryCun2.0, 2009). Neben dem Kern-Genom enthält das verbesserte OryCun2.0 auch eine Zusammenstellung des mitochondrialen Genoms.
  
 **Tabelle 4:** Referenzgenome der Art //Oryctolagus cuniculus// (Auswahl) **Tabelle 4:** Referenzgenome der Art //Oryctolagus cuniculus// (Auswahl)
 ^Referenzgenom (//Assembly//) ^Ursprung (Rasse, Geschlecht) ^GenBank-Nummern^//Coverage (x-fold)// ^Gesamtlänge (Gb) ^Referenzen ^ ^Referenzgenom (//Assembly//) ^Ursprung (Rasse, Geschlecht) ^GenBank-Nummern^//Coverage (x-fold)// ^Gesamtlänge (Gb) ^Referenzen ^
-|OryCun1(.0) |Weiße Neuseeländer (//Thorbecke inbred//), 0.1 |AAGW00000000.1 (NCBI) |  2,0 |  2,08 |Lindblad-Toh //et al//., 2011((Lindblad-Toh, K., Garber, M., Zuk, O., Lin, M. F., Parker, B. J., Washietl, S., ... & Kellis, M. 2011. A high-resolution map of human evolutionary constraint using 29 mammals. Nature, 478(7370), 476-482.)) | +|OryCun1(.0) |Weiße Neuseeländer (//Thorbecke inbred//), 0.1 |AAGW00000000.1 (NCBI) |  2,0 |  2,08 |Lindblad-Toh //et al//., 2011((Lindblad-Toh, K., Garber, M., Zuk, O., Lin, M. F., Parker, B. J., Washietl, S., ... & Kellis, M. 2011. A high-resolution map of human evolutionary constraint using 29 mammals. Nature, 478(7370), 476-482. https://doi.org/10.1038/nature10530)) | 
-|OryCun2.0 |::: |AAGW00000000.2/ GCA_000003625.1 |  7,48 |  2,74 |Lindblad-Toh //et al//., 2011((Lindblad-Toh, K., Garber, M., Zuk, O., Lin, M. F., Parker, B. J., Washietl, S., ... & Kellis, M. 2011. A high-resolution map of human evolutionary constraint using 29 mammals. Nature, 478(7370), 476-482.)); Carneiro //et al//., 2014((Carneiro, M., Rubin, C. J., Di Palma, F., Albert, F. W., Alföldi, J., Barrio, A. M., ... & Andersson, L. 2014. Rabbit genome analysis reveals a polygenic basis for phenotypic change during domestication. Science, 345(6200), 1074-1079.)) |+|OryCun2.0 |::: |AAGW00000000.2/ GCA_000003625.1 |  7,48 |  2,74 |Lindblad-Toh //et al//., 2011((Lindblad-Toh, K., Garber, M., Zuk, O., Lin, M. F., Parker, B. J., Washietl, S., ... & Kellis, M. 2011. A high-resolution map of human evolutionary constraint using 29 mammals. Nature, 478(7370), 476-482. https://doi.org/10.1038/nature10530)); Carneiro //et al//., 2014((Carneiro, M., Rubin, C. J., Di Palma, F., Albert, F. W., Alföldi, J., Barrio, A. M., ... & Andersson, L. 2014. Rabbit genome analysis reveals a polygenic basis for phenotypic change during domestication. Science, 345(6200), 1074-1079.)) |
 |UM_NZW_1.0 |Weiße Neuseeländer, 1.0 |GCA_009806435.2 |  40,0 |  2,8 |Bai //et al//., 2021((Bai, Y., Lin, W., Xu, J., Song, J., Yang, D., Chen, Y. E., ... & Zhang, J. 2021. Improving the genome assembly of rabbits with long-read sequencing. Genomics, 113(5), 3216-3223.)) | |UM_NZW_1.0 |Weiße Neuseeländer, 1.0 |GCA_009806435.2 |  40,0 |  2,8 |Bai //et al//., 2021((Bai, Y., Lin, W., Xu, J., Song, J., Yang, D., Chen, Y. E., ... & Zhang, J. 2021. Improving the genome assembly of rabbits with long-read sequencing. Genomics, 113(5), 3216-3223.)) |
-|mOryCun1.1 |Wildkaninchen, UK, 0.1 |GCA_964237555.1 |  31 |  2,8 |Wellcome Sanger Institute, 2024; [[https://www.darwintreeoflife.org/|Darwin Tree of Life]]; Pearce //et al//., 2026((Pearce, N., O’Brien, M. F., Lopez Colom, R., Natural History Museum Genome Acquisition Lab, Wellcome Sanger Institute Tree of Life Management, Samples and Laboratory team, Wellcome Sanger Institute Scientific Operations: Sequencing Operations, ... & Darwin Tree of Life Consortium. (2026). The genome sequence of the European rabbit, Oryctolagus cuniculus (Linnaeus, 1758)(Lagomorpha: Leporidae). Wellcome Open Research, 11, 239.)) |+|mOryCun1.1 |Wildkaninchen, UK, 0.1 |GCA_964237555.1 |  31 |  2,8 |Wellcome Sanger Institute, 2024; [[https://www.darwintreeoflife.org/|Darwin Tree of Life]]; Pearce //et al//., 2026((Pearce, N., O’Brien, M. F., Lopez Colom, R., Natural History Museum Genome Acquisition Lab, Wellcome Sanger Institute Tree of Life Management, Samples and Laboratory team, Wellcome Sanger Institute Scientific Operations: Sequencing Operations, ... & Darwin Tree of Life Consortium. (2026). The genome sequence of the European rabbit, Oryctolagus cuniculus (Linnaeus, 1758)(Lagomorpha: Leporidae). Wellcome Open Research, 11, 239. https://wellcomeopenresearch.org/articles/11-239)) |
 |ASM5122573v1 |//Fujian Yellow//, 1.0 |GCA_051225735.1 |  64 |  2,88 |Chen //et al//., 2025((Chen, X., Yu, C., Liu, D., Zhong, Q., Zhou, J., Lin, W., ... & Huang, Z. 2025. Near telomere to telomere genome assembly of Chinese yellow rabbit (Oryctolagus cuniculus). Scientific Data, 12(1), 1786.))  | |ASM5122573v1 |//Fujian Yellow//, 1.0 |GCA_051225735.1 |  64 |  2,88 |Chen //et al//., 2025((Chen, X., Yu, C., Liu, D., Zhong, Q., Zhou, J., Lin, W., ... & Huang, Z. 2025. Near telomere to telomere genome assembly of Chinese yellow rabbit (Oryctolagus cuniculus). Scientific Data, 12(1), 1786.))  |
  
- +Ein hochwertiges Referenzgenom ist möglichst genau, vollständig und zusammenhängend. 
  
 ===== Genomweite Assoziationsstudien ===== ===== Genomweite Assoziationsstudien =====
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