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--- genetik:populationsmanagement [2025/11/05 20:00] – [Stammbaum-Analyse] kathrin
+++ genetik:populationsmanagement [2026/02/21 22:00] (aktuell) – [Europäisches Wildkaninchen] kathrin
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 ====== Populationsmanagement ======
-(in Arbeit)
 ===== Genetische Drift =====
+Die "genetische Drift" beschreibt die zufälligen Änderungen von Allelfrequenzen in einer Population von Generation zu Generation. Sie kann eine große Wirkung auf den Genpool einer Population haben -- besonders in kleinen Populationen, in denen Fixierungen (Frequenz ist 1) oder Verluste (Frequenz ist 0) von Allelen häufiger auftreten.((Stephan, W., & Hörger, A. C. 2019. Molekulare Populationsgenetik - Theoretische Konzepte und empirische Evidenz. Berlin: Springer. ISBN: 978-3-662-59427-8.))
 ==== Verlust der genetischen Variabilität einer Population ====
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 Die Wahrscheinlichkeit, dass zwei Allele aufgrund ihrer Abstammung identisch sind, heißt **Identität durch Abstammung** und wird in der Tierzucht auch als Inzuchtkoeffizient (F<sub>PED</sub>) bezeichnet.((Stephan, W., & Hörger, A. C. 2019. Molekulare Populationsgenetik - Theoretische Konzepte und empirische Evidenz. Berlin: Springer. ISBN: 978-3-662-59427-8.))(S. 17) "Diese Definition kann als der Anteil aller Loki des Genoms eines Individuums, der durch Abstammung identisch ist, erweitert werden. In einer Population wird der Grad der Inzucht durch Mittelung aller individuellen F<sub>PED</sub>-Werte geschätzt." (Ballan //et al//., 2022((Ballan, M., Schiavo, G., Bovo, S., Schiavitto, M., Negrini, R., Frabetti, A., ... & Fontanesi, L. 2022. Comparative analysis of genomic inbreeding parameters and runs of homozygosity islands in several fancy and meat rabbit breeds. Animal Genetics, 53(6), 849-862.)))
-Ein erhöhter Inzuchtgrad begünstigt das Auftreten schädlicher rezessiver Allele im homozygoten Zustand und kann zu Inzuchtdepressionen mit beeinträchtigter Vitalität und Fortpflanzungsleistung sowie reduziertem Anpassungsvermögen führen.
+Ein erhöhter Inzuchtgrad begünstigt das Auftreten schädlicher rezessiver Allele im homozygoten Zustand und kann zu Inzuchtdepressionen mit beeinträchtigter Vitalität und [[physiologie:fortpflanzung|Fortpflanzung]]sleistung sowie reduziertem Anpassungsvermögen führen.
 ===== Monitoring der genetischen Variabilität einer Population =====
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 Eine kontinuierliche Dokumentation von Stammbäumen erlaubt die Berechnung von Inzuchtkoeffizienten F<sub>PED</sub> oder verwandten Parametern. Dabei entscheidet die Qualität der Stammbäume maßgeblich über die Aussagekraft der erhaltenen Schätzwerte. Verwandtschaftsverhältnisse zwischen Gründertieren bleiben jedenfalls unberücksichtigt.
+Beispielhafte Stammbaum-Analysen:\\
+  * Sakthivel //et al//., 2018((Sakthivel, M., Balasubramanyam, D., Kumarasamy, P., Raja, A., Anilkumar, R., Gopi, H., & Devaki, A. 2018. Genetic structure of a small closed population of the New Zealand white rabbit through pedigree analyses. World Rabbit Science, 26(2), 101-112.)) -- geschlossene Population Weißer Neuseeländer (SBRS // Sheep Breeding and Research Station//, Indien);
+  * Rahim //et al//., 2022((Rahim, A., Rajaravindra, K. S., Chaturvedi, O. H., & Sharma, S. R. 2022. Assessment of population structure and genetic diversity of German Angora rabbit through pedigree analysis. Animal bioscience, 36(5), 692.)) -- geschlossene Angorakaninchen-Population (//German Angora//, NTRS ICAR-CSWRI //Central Sheep and Wool Research Institute//, Indien).
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 So können etwa sogenannte **Runs of Homozygosity (ROH)** - kontinuierliche Chromosomenabschnitte, in denen alle Loki einen homozygoten Genotyp aufweisen - ein präzises Maß für die genomische Inzucht eines einzelnen Tieres (F<sub>ROH</sub>) liefern. Auf Populationsebene können ROH Hinweise auf die genetische Geschichte der Populationen liefern. ROH können weiters genutzt werden, um genomische Signaturen zu identifizieren: gehäufte ROH in bestimmten Chromosomenregionen (//ROH islands//, ROH-Inseln) weisen auf eine reduzierte Haplotypen-Variabilität hin.((Peripolli, E., Munari, D. P., Silva, M. V. G. B., Lima, A. L. F., Irgang, R., & Baldi, F. 2017. Runs of homozygosity: current knowledge and applications in livestock. Animal genetics, 48(3), 255-271.))((Ballan, M., Schiavo, G., Bovo, S., Schiavitto, M., Negrini, R., Frabetti, A., … & Fontanesi, L. 2022. Comparative analysis of genomic inbreeding parameters and runs of homozygosity islands in several fancy and meat rabbit breeds. Animal Genetics, 53(6), 849-862.))\\
-Das Vorhandensein langer ROH-Segmente ist ein Hinweis auf jüngst stattgefundene (enge) Inzucht, während kürzere ROH -- aufgrund von Rekombination -- den Einfluss entfernter Vorfahren widerspiegeln.\\
+Das Vorhandensein langer ROH-Segmente ist ein Hinweis auf jüngst stattgefundene (enge) Inzucht, während kürzere ROH -- aufgrund von [[populationsgenetik#Rekombination|Rekombination]] -- den Einfluss entfernter Vorfahren widerspiegeln.\\
 Der individuelle Inzuchtkoeffizient F<sub>ROH</sub> entspricht dem Verhältnis der Gesamtlänge aller ROH zur Gesamtlänge des Genoms. (Je größer F<sub>ROH</sub> ist, umso mehr Erbanlagen liegen in Folge von Inzucht reinerbig vor.)
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 <imgcaption label1|Methode zur Identifizierung genomischer Signaturen: Homozygotie-Abschnitte (ROH) - Von links nach rechts nimmt die Anzahl aufeinanderfolgender homozygoter SNPs zu, wodurch ein ROH entsteht.>{{ :genetik:kh_2025_runs_of_homocygosity_roh.png?400 |}}</imgcaption>
+Halvoník //et al//., 2024((Halvoník, A., Moravčíková, N., Chalupková, M., & Kasarda, R. (2024). Commonly used genomic estimators of individual inbreeding in livestock. Czech Journal of Animal Science, 69(7).)) gaben eine Übersicht der bei Nutztieren am häufigsten verwendeten genomischen Inzuchtkoeffizienten: F<sub>SNP</sub>, F<sub>HOM</sub> (= Wright’s F<sub>IS</sub>), F<sub>UNI</sub>, F<sub>GRM</sub> und F<sub>ROH</sub> -- methodische Überlegungen (Vor- und Nachteile), Berechnung und Interpretation. Mit geeigneten Einstellungen sei insbesondere F<sub>ROH</sub> ein zuverlässiger Parameter für die Schätzung der individuellen Inzucht sowie für die Überwachung von Inzucht-Trends.
 ===== Genomische Selektion =====
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 Goswami //et al//., 2025((Goswami, N., Solomon Ahamba, I., Kinkpe, L., Mujtaba Shah, A., Xiangyang, Y., Song, B., ... & Ren, Z. 2025. Enhancing rabbit farming efficiency with integrated genomics and nutritional strategies. Frontiers in Animal Science, 5, 1514923.)) (Review)
+===== Europäisches Wildkaninchen =====
+[[wildkaninchen:wildkaninchen|Europäisches Wildkaninchen]]
+Vaquerizas //et al//., 2025((Vaquerizas, P. H., Fa, J. E., Delibes-Mateos, M., Castro, F., & Villafuerte, R. (2025). Navigating challenges in subspecies management: a tale of two rabbits in iberia. European Journal of Wildlife Research, 71(6), 1-13.)) -- zum Management der Unterarten //O. c. algirus// und //O. c. cuniculus// auf der Iberischen Halbinsel; Die Ergebnisse dieses systematischen Reviews unterstrichen die Notwendigkeit unterschiedlicher Managementstrategien: Schutz der rückläufigen Oca-Populationen, Kontrolle der Occ-Populationen.